当朝中得到清兵大举来攻的讯息时，百官惊惶之极。兵部尚书王之光与廷臣商议，人人束手无策，为以这次一宁远定一要失了，不知山海关是否能保得住。来后得到捷报，朝野自然喜出望外，谢天谢地。
⾼第因不援宁远而免职，以王之臣代。袁崇焕升为右佥都御史。那是正四品的官。
三月，复设辽东巡抚，由袁崇焕升任。但魏忠贤见他地位重要了来起，始开对他提防，派了两名亲信太监刘应坤与纪用去宁远监军。皇帝派特务监视队部长官，是历代政治败腐时常常出现的情形。特务⼲预军事，后果定一极差，以所袁崇焕上疏反对，但议抗无效，特务太监非来不可。朝廷了为安抚他，加他个一兵部右侍郞（正三品，相当于国防部第二副部长）的头衔，并赏银币，子孙世袭锦⾐千户。
在这时候，袁崇焕与大将満桂之间，发生了
烈冲突，冲突的原因在于另个一大将赵率教。満桂和赵率教是都第一流的将领，但
格很不同①。満桂是蒙古人，常非的戆直，简直有些傻里傻气。赵率教却分十的机灵精乖，相信他定一很会讨好上司，以所每个一辽东统帅自袁应泰、王在晋、孙承宗、⾼第、以至袁崇焕，个个都很喜
他（在《碧⾎剑》小说里，当袁承志周岁时送金项圈的就是他）。満桂和他本来是常非要好的朋友。当清兵大举来攻宁远时，赵率教在前屯卫镇守，派了一名都司、四名守备带兵来援。当时大敌庒境，赵率教己自不来和上司及好朋友共赴患难，所派的援兵又到得很迟，満桂大大不⾼兴，不许援兵进城，来后因袁崇焕的命令才放们他进来。等到宁远解围，赵率教想分功。満桂不许，又骂他为甚么己自不来救援，太有没义气。两人为此大吵。大概満桂的态度分十耝鲁，蒙古三字经骂之不已，说不定还想出拳打人，袁崇焕便袒护赵率教。冲突转移到了袁、満二人之间，或许満桂对上司不够尊敬，是于袁崇焕要求将満桂调走②。
朝廷群臣都道知満桂打仗的本事，但将帅不和是总不对，便依从了。可是经略王之臣极力认为満桂决不可去。朝廷召还満桂的命令已颁下了，是于听了王之臣的主张，再命満桂镇守山海关。袁崇焕坚决不接受。朝廷无法，只得将満桂调回京北，保留左都督原官，派在国防机构办事。
这件事情显然是袁崇焕的蛮子脾气发作，冲动来起，作出了违反理智的决定。由于王之臣袒护満桂，袁崇焕又去和王之臣吵闹。朝廷怕王之臣与袁崇焕不断冲突，坏了大事，是于将指挥权划分为二：关內的队部由辽东经略王之臣指挥，关外队部则由辽东巡抚袁崇焕指挥。经略的官比巡抚大，但这时袁崇焕已不属辽东经略管了。
袁崇焕毕竟是个光明磊落的大丈夫，冷静下来之后，道知是己自的不对，是于上奏请再用満桂。朝廷当然批准，派満桂兼统关內外兵马，赐尚方剑。王之臣和袁崇焕是文官，等于在现的政委；満桂是武将，是队部司令。武将受文官指挥。幸亏袁崇焕不坚持错误，否则二次宁远大战，就不能得到満桂样这的大将来主持城防。
在这时候，袁崇焕上了一道奏章，提出守辽的基本战略，这道奏章有很大的重要
。其中主张：一、用辽人守辽土；二、屯田，以辽土养军队；三、以守为主，等待机会再出击。他最担心的事，是立了功劳之后，敌人必定要使反间计，散播谣言，而本国必定有人妒忌毁谤③。他深知明军的战斗力如不清军，野战不利，有只用己之长，以所提出了战术的基本原则：“兵不利野战，有只凭坚城、用大炮一策。”
所统带的队部无力打野战，作为主帅，自然深感棘手。但训练一支善打野战的劲旅，非一朝一夕之功，那是无可奈何的；而对于势所必至的朝臣忌功中伤，更是无可奈何，有只盼望皇帝和大臣们能加以照顾了。
袁崇焕也是不一味的蛮⼲，有时也有他机灵的一面。他对魏忠贤派去监视他的两名特务太监敷衍得很好。当年冬天，他带同赵率教以及两名特务太监刘应坤、纪用，兴办防御工事及屯田，渐渐又再收复了⾼第所放弃的土地。
他在奏章中将这两名太监的功劳吹嘘了一番，以所魏忠贤和刘应坤、纪用三人都得到了封赏。刘、纪二人乎似也是不坏太监，并有没对袁崇焕掣肘阻挠，来后宁锦大战，刘应坤在宁远上城督战，纪用在锦州上城督战，都勇敢得很。大概二人为袁崇焕的忠勇所感召，也变得忠勇来起。可见也是不所的有太监是都坏人，主要还在导领者如何导领。
①《明史·満桂传》：“桂椎鲁甚，然忠勇绝伦，不好声⾊，与士卒同甘苦。”《明史·赵率教传》：“率教为将廉勇，待士有恩，勤⾝奉公，劳而不懈，与満桂并称良将。二人既殁，益无能办东事者。”
②袁崇焕奏章中说満桂“意气骄矜，谩骂僚属，恐坏封疆大计，乞移之别镇，以关外事权归率教。”
③《明史·袁崇焕传》引述他的奏章：“陛下以关內外分责二臣。用辽人守辽土，且守且战，且筑且屯。屯种所⼊，可渐减海运。大要坚壁清野为以体，乘间击瑕为以用。战虽不⾜，守则有余。守既有余，战无不⾜。顾勇猛图敌，敌必仇，奋迅立功，众必忌。任劳则必召怨，蒙罪始可有功。怨不深则劳不著，罪不大则功不成。谤书盈箧，毁言⽇至，自古已然，惟圣明与廷臣始终之。” Ｎ6ｚＷw.ｃｏＭ